Yeah, it's a real pain in the neck, but it'll be worth it in the end.
ああ、本当に面倒くさいよね。でも、やるだけの価値はある仕事だよ。
"in"は弱く、母音が発音されていない。"pain in the neck"は繋げられて、「ペインナネック」のように発音されている。"in the"は繋げられて、「インニ」のように発音されている。
pain in the necktroublesome"pain in the neck"は慣用表現で"troublesome"の意味。「面倒くさい」